安装

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install.package("RIdeogram")
# 直接安装出现报错，需要依赖rsvg包
conda install -c conda-forge librsvg r-rsvg

使用

准备输入文件

  • karyotype.csv 核型文件，必须。包含5列
    • 第1列 染色体名
    • 第2, 3列 染色体起止位置(0-base)
    • 第4, 5列 着丝粒起止位置(可省略)
  • heatmap.csv 染色体heatmap，可选。包含4列
    • 第1列 染色体名
    • 第2, 3列 染色体指定位置
    • 第4列 该位置对应的数值
  • mark.csv 染色体旁形状标记，可选。包含6列
    • 第1列 染色体名
    • 第2列 形状(box, triangle, circle)
    • 第3列 染色体名
    • 第4, 5列 染色体指定位置
    • 第6列 颜色

绘制

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ideogram(karyotype = karyotype, 
         #如果没提供easy_input_heatmap.csv，就在下面两行前面加#
         overlaid = gene_density, 
         #染色体上heatmap的配色
         colorset1 = c("forestgreen", "gold", "deeppink3"), 
         #如果没提供easy_input_mark.csv，就在下面这行前面加#
         label = Random_RNAs_500,
         #染色体宽度，默认170
         width = 200,
         #图例的位置
         Lx = 160, #图例左上角跟左边的距离
         Ly = 20) #图例左上角跟顶端的距离

格式转换

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#svg2tiff, svg2jpg, svg2png函数设定类似
svg2pdf("chromosome.svg",
       width = 12, height = 8, #设定画布大小
       dpi = 300)

参考来源

https://cran.r-project.org/web/packages/RIdeogram/vignettes/RIdeogram.html