Scallop Scallop可组装出新转录本，作为特定条件下的补充。 Salmon 构建索引 1 salmon index -t athal.fa.gz -i athal_index --type quasi -k 31 直接定量 1 salmon quant -i transcripts_index -l A -1 reads_1.fastq.gz -2 reads_2.fastq.gz -o transcripts_valid -p 16 --validateMappings 结果导入 1 2

定量过程可以分为三个水平：基因水平(gene-level), 转录本水平(transcript-level), 外显子水平(exon-usage

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安装 1 2 3 4 if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("treeio", version = "3.8") BiocManager::install("ggtree", version = "3.8") 输入 ggtree可以直接文本输入Newick tree 1 2 3 4 library(ggtree) tree_text <- "(((((cow, (whale, dolphin)), (pig2, boar)), camel), fish), seedling);" x <- read.tree(text=tree_text) 也可使用treei