conda源的配置

2019-03-03
conda升级 conda提示的升级方案为 1 conda update -n base conda 按照提示进行升级，但升级提示竟然会将原本3.6版本的python降级至2.7 1 2 3 The following packages
阅读更多

SALSA安装

2019-02-28
安装 1 2 3 4 5 6 7 8 git clone https://github.com/machinegun/SALSA.git conda create -n SALSA python=2.7 source activate SALSA conda install boost networkx==1.11 cd SALSA make debug 1 2 3 4 5 g++ -O3 -Wall -Wextra -std=c++11 -o correct_links correct_links.cpp correct_links.cpp:12:10: fatal error: boost/config.hpp: No such file or directory #include <boost/config.hpp> ^~~~~~~~~~~~~~~~~~ compilation terminated. 这表明，编译过程中未配置好之
阅读更多

Python练习6

2019-02-22
Overlap Graphs http://rosalind.info/problems/grph/ 基于图论的基本设定，二代测序的组装就是基于kmer的延伸 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39
阅读更多

HiC-Pro使用手册

2019-02-20
软件安装 软件默认提供了Singularity的镜像，可以直接使用 环境依赖 The bowtie2 mapper Python (>2.7) with pysam (>=0.8.3), bx-python(>=0.5.0), numpy(>=1.8.2), and scipy(>=0.15.1) libraries. Note that the current version does not support python 3 R with the RColorBrewer and ggplot2 (>2.2.1) packages g++ compiler samtools
阅读更多