conda升级

conda提示的升级方案为

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conda update -n base conda

按照提示进行升级，但升级提示竟然会将原本3.6版本的python降级至2.7

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The following packages will be DOWNGRADED:

    python:          3.6.6-h5001a0f_3       https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge --> 2.7.15-h721da81_1008      https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge

这表明，conda源配置中的conda-forge优先级过高，会出现一定的问题。检查一下原来的.condarc文件。

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channels:
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
#  - bioconda
#  - conda-forge
#  - defaults
  - r
show_channel_urls: true

竟然将官方的defaults源注释掉了😓

不合理的顺序还可能会导致意想不到的错误，举例如下

并且举了一个例子,如果你有一个X包来自于conda-forge,一个Y包来自于biconda才能让Z包顺利工作.但是在YAML里面不知道X,Y那个包是来自于conda-forge,那个是来自于bioconda. 比如说conda-forge有一个bzip2-1.0.6,里面有对应的动态.so文件,而defaults也有bzip2-1.0.6,但是没有.so文件. 但是根据按照顺序,conda先从default里面找到了bzip2-1.0.6, 结果你就会在运行软件的时候找不到依赖文件.

但hoptop认为一定要将default源放在最后，我认为还是不能同意。因为上述的conda更新问题就是由于default源（或第三方镜像的default源）的优先级低于conda-forge。因此，我认为至少conda-forge的优先级不宜过高。

合理配置conda源顺序

参照前人的方案，我们需要将conda-forge的优先级降低，仅作为官方源和bioconda源的补充。修改后的配置如下：

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channels:
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
  - bioconda
  - defaults
  - r
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
  - conda-forge
show_channel_urls: true

参考来源

https://shengxin.ren/article/432

https://www.jianshu.com/p/7025139ac7d4

http://vincebuffalo.org/notes/2017/08/28/notes-on-anaconda.html