Circos共线性比较

数据准备 获取区域关联关系 Mummer匹配 获取已硬屏蔽了重复序列的基因组序列,使用nucmer(Mummer)对其进行匹配 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10

RPKM-normilization

现已不推荐使用RPKM/FPKM对RNA-seq数据进行定量比较,详情可查看 计算原理 $$ RPKM = (10^9 * C) / (N * L) $$ C = Number of reads mapped to a gene N = Total mapped reads in the experiment