计算基因组中CDS的覆盖度 2020-06-07 已知基因组的注释信息,可以得到任一CDS的位置区间,求所有CDS在基因组中的覆盖度。 解决方案 根据feature table或gff/gtf注释 阅读更多
Circos共线性比较 2020-06-03 Genomics 数据准备 获取区域关联关系 Mummer匹配 获取已硬屏蔽了重复序列的基因组序列,使用nucmer(Mummer)对其进行匹配 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 阅读更多
RPKM-normilization 2020-05-26 现已不推荐使用RPKM/FPKM对RNA-seq数据进行定量比较,详情可查看 计算原理 $$ RPKM = (10^9 * C) / (N * L) $$ C = Number of reads mapped to a gene N = Total mapped reads in the experiment 阅读更多
简易计算RNA-seq差异表达基因 2020-05-25 使用nf-core,能够很方便地进行RNA-seq的上游分析,得到表达矩阵。但是,大多数时候,我们更关心的是筛选差异表达基因。别担心,Tri 阅读更多
tutorials-Multiple-Sequence-Alignment 2020-03-01 #概述 我们使用目前最流行的多序列比对工具MAFFT进行多序列比对。此外,还使用NCBI的GenBank来判断一些序列的同源序列。 #比对 可视化 阅读更多