使用awk提取文件内容

语法 1 2 awk 'program' input files awk -f progfile optional list of files 简单的单行awk命令格式如下,其命令由一个单独的 模式–动作 语句 (pattern-action statement) 组成 1 awk '[pattern] {action}' {filenames} # 行匹配语句 awk '' 只能用单引号 A

使用pheatmap绘制热图

安装 1 2 install.package("pheatmap") library(pheatmap) 读入数据 1 2 setwd("path/to/my/workdir/") data <- read.delim("mydata.txt", header = T, sep = "\t", row.names = 1) 开始绘制 1 pheatmap(as.matrix(data), color=colorRampPalette(c("green","black","red"))(100), scale='row', border_color=NA, width=9, height=18, fontsize=9, fontsize_row=6, filename="heatmap.pdf" ) 参数设置 1 2 3 4 5 6 scale='row' #对矩阵进行标准化,以row或colu

本地blast

安装 从ncbi下载已编译好的版本,解压缩后即可使用。 使用 Building a BLAST database with local sequences 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 $ makeblastdb -in mydb.fsa -parse_seqids -dbtype nucl Building a new DB, current time: 01/28/2011 13:39:37 New DB name: mydb.fsa New DB title: mydb.fsa Sequence

使用conda安装软件

安装miniconda 在软件主页选择需要安装的版本,在此我们选择Python3.6 64位的版本, 下载后运行安装脚本即可完成安装 1 sh Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh 配置co