软件下载 1 2 wget http://www.ebi.ac.uk/~birney/wise2/wise2.4.1.tar.gz tar zxf ~/software/wise2.4.1.tar.gz -C ~/opt/ 软件编译 1 2 3 4 5 6 7 8 cd /opt/biosoft/wise2.4.1/src/ cd HMMer2 sed 's/getline/getline_new/' sqio.c > a && mv a sqio.c cd .. perl -p -i -e 's/isnumber/isdigit/' models/phasemodel.c make all echo 'PATH=$PATH:~/opt/wise2.4.1/src/bin/' >> ~/.bashrc echo 'WISECONFIGDIR=~/opt/wise2.4.1/wisecfg/' >> ~/.bashrc 这里修改了两个文件HMMer

批量化生成trimmomatic运行脚本 对于paired-end数据，trimmomatic官方推荐的运行方式如下 java -jar trimmomatic-0.35.jar PE -phred33 input_forward.fq.gz input_reverse.fq.gz output_forward_paired.fq.gz output_forward_unpaired.fq.gz output_reverse_paired.fq.gz output_reverse_unpaired.fq.gz ILLUMINACLIP:TruSeq3-PE.fa:2:30:10 LEADING:3

使用Jellyfish 统计k-mer 下载并安装: http://www.genome.umd.edu/jellyfish.html#Release 准备数据 参照陈连福的方法，提前将paired-end数据整合。将read2数据的序列反向重

查看单个fq.gz文件中的reads数目 使用zcat命令即可直接查看fq.gz文件的内容。而fastq文件中，每一条read记录占用4行。因

解决方案 无管理员权限则修改客户端的ssh配置 1 2 3 4 ##编辑ssh配置文件，无此文件则新建 vi ~/.ssh/config ##在其中添加如下语句 ServerAliveInterval 60 使得客户端在ssh连