使用pfam-scan进行Pfam注释 2018-10-14 安装 使用conda安装 1 2 3 conda create -n pfam_scan ##可新建一个环境,用于安装pfam-scan source activate pfam_scan conda install pfam_scan pfam_scan依赖bioperl,因此,通 阅读更多
使用dbCAN2进行CAZyme注释 2018-10-12 dbCAN2 meta server是dbCAN web server的升级版本,使用HMMER, DIAMOND与Hotpep三种方式进行比对,并且允许提交核算序列(原 阅读更多
bed格式转换 2018-10-12 在线工具 The Galaxy Project提供了这方面的在线工具,可以方便地将gff格式文件转换为bed格式。 但是由于gff格式文件标签太多,导致输出的be 阅读更多
【R】转换数据格式 2018-10-11 数据格式 Wide format为每列一个变量,也是常见的SPSS,excel等存储数据的格式。例如在基因表达数据中,每行一个基因,每列一个样品,构成 阅读更多
本地化nr数据库 2018-10-02 数据库下载 nr数据库下载前应确认其序列ID中包含有gi信息。推荐通过NCBI提供的脚本进行下载。 1 perl update_blastdb.pl nr 下载完成后解压 1 tar -zxvf *.tar.gz 建库 由于下载的 阅读更多