【debug】maker3

问题描述 BUG1 运行maker3.01.02时,部分scaffold运行失败,其报错信息如下 1 substr outside of string at ../lib/PhatHit_utils.pm line 850. 本机perl版本为5.10.1,经过

Python练习4

计算后代显性表型的期望 http://rosalind.info/problems/iev/ 1 2 3 4 5 6 7 import os with open('rosalind_iev.txt','r') as f: couplesNumb = f.readline().strip() [p1, p2, p3, p4, p5, p6] = couplesNumb.split() dominantNumb = (int(p1)+ int(p2)+ int(p3))*2 + int(p4)*1.5 + int(p5) print(dominantNumb) 计算蛋白对应的mRNA序列数量 http://rosalind.info/problems/mrna/ 1 2 3 4 5 6 7 8

使用STAR判断测序文库的链特异性

安装 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 # Get latest STAR source from releases wget https://github.com/alexdobin/STAR/archive/2.6.1c.tar.gz tar -xzf 2.6.1c.tar.gz cd STAR-2.6.1c # Compile cd STAR/source make STAR #在bin/目录下就已存在对应平台的已编译版本,可直接使用 使用 构建索引 1 2 3

读取文件UnicodeDecodeError编码错误

问题描述 1 UnicodeDecodeError: 'utf-8' codec can't decode byte 0x96 in position 4575: invalid start byte 解决方案 1 2 3 4 import codecs with open('pepunit.idlist','r',encoding='unicode-escape') as f: #或忽略错误 with open('pepunit.idlist','r', encoding='utf-8', errors='ignore') as f: 参考来源 https://www.crifan.com/summary_python_unicodedecode_error_possible_reasons_and_solutions/

文本处理小技巧

删除文件夹软链接 通过ln -s方法建立的文件夹软链接,只会将该文件夹链接过来,该文件夹下的文件仍然为原文件,直接删除就是删除原文件。 1 2 3 4 #