RPKM-normilization

现已不推荐使用RPKM/FPKM对RNA-seq数据进行定量比较，详情可查看

计算原理

$$ RPKM = (10^9 * C) / (N * L) $$

C = Number of reads mapped to a gene

N = Total mapped reads in the experiment

L = gene length in base-pairs for a gene

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perl rpkm_script_beta.pl sample_count_test.count 2:9 28 > sample_count_test.rpkm

其中，sample_count_test.count为用于计算的count矩阵，其中第2-9列为需要计算的样品的位置(C)，第28列为每个基因的有效长度(L)。