LTRpred实际是调用GenomeTools中封装的LTRharvest对基因组序列进行de novo 预测，并使用LTRdigest开展分析，并包含了一些可视化的函数。此外，LTRpred还包括了LTRpred.meta()函数，方便调用多个基因组进行meta分析。

软件安装

环境依赖

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#conda安装GenomeTools依赖2.7版本的python
conda create -n LTRpred python=2.7
source activate LTRpred
conda install hmmer genometools vsearch dfam
conda install -c bioconda blast
#Install USEARCH from git or direct download

程序安装

此时R的默认版本仍为3.4.3，仍然使用bioconductor 3.7的方法安装

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# install Bioconductor
## try https:// if http:// URLs are not supported
source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite()
## install prerequisite Bioconductor packages
biocLite(c("GenomicFeatures","IRanges", "AnnotationDbi", "Biostrings"))
## install LTRpred as follows
source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("devtools")
biocLite("HajkD/LTRpred")

Quick Start

LTRpred自带人Y染色体序列作为输入，实验一下程序的运行

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# load LTRpred package
library(LTRpred)
# de novo LTR transposon prediction for the Human Y chromosome
LTRpred(
    genome.file = system.file("Hsapiens_ChrY.fa", package = "LTRpred"),
    cluster     = TRUE,
    cores = 4
)

程序输出

LTRperd()会将结果输出在*_ltrpred文件夹中

参考来源

https://hajkd.github.io/LTRpred/

https://hajkd.github.io/LTRpred/articles/Introduction.html