Infernal
直接下载安装Infernal1.1.2的已编译版本
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wget http://eddylab.org/infernal/infernal-1.1.2-linux-intel-gcc.tar.gz
tar xf infernal-1.1.2-linux-intel-gcc.tar.gz
echo 'PATH=$PATH:/your/path/to/infernal-1.1.2-linux-intel-gcc/binaries' >> ~/.bashrc
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Rfam12.0是第一个基于Infernal1.1构建的版本，更新了注释流程。因此，更早版本的Rfam数据库只能通过Infernal1.0.2版本进行注释。
下载安装Rfam数据库
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wget ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/Rfam/CURRENT/Rfam.cm.gz
gunzip Rfam.cm.gz
wget ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/Rfam/CURRENT/Rfam.clanin
# index the Rfam.cm file
cmpress Rfam.cm
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计算目标基因组大小
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esl-seqstat tutorial/mrum-genome.fa
$ Total # of residues: 2937203
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Inferal需要根据输入数据的总碱基数设定E-value的阈值。因此，在执行cmscan之前需要先行计算总碱基数，乘以2（因为序列的两条链都会被搜索），再除以1,000,000得到以兆为单位的碱基数，作为cmscan的参数输入。
运行程序
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cmscan -Z 5.874406 --cut_ga --rfam --nohmmonly --tblout mrum-genome.tblout --fmt 2 --cpu 8 --clanin Rfam.clanin Rfam.cm tutorial/mrum-genome.fa > mrum-genome.cmscan
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参考来源
https://rfam.readthedocs.io/en/latest/genome-annotation.html
http://eddylab.org/infernal/Userguide.pdf
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