使用dbCAN2进行CAZyme注释
2018-10-12
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dbCAN2 meta server是dbCAN web server的升级版本，使用HMMER, DIAMOND与Hotpep三种方式进行比对，并且允许提交核算序列（原核生物）。2018年8月25日，dbCAN 数据库升级至7.0版本。
数据准备
输入的序列应当为FASTA格式。对于原核生物，dbCAN2支持直接输入核酸序列（便于宏基因组数据输入）；对于真核生物，用户还是应当自行预测出蛋白序列作为输入。
使用CGCFinder预测CAZyme 基因簇(CAZyme gene clusters, CGCs)，需要提供基因的位置信息（BED/GFF格式）。其要求的示例格式如下。
Scaffold1 prot_00001 3174 3575 + Scaffold1 prot_00002 6297 7073 - Scaffold1 prot_00003 7066 8793 - Scaffold1 prot_00004 8793 10658 - Scaffold1 prot_00005 10782 10907 - Scaffold1 prot_00006 11206 11871 -
如提交GFF文件，其中包含’CDS’字符的列才会被识别。基因ID应当包含在Name或ID标签中。
结果输出
结果页首先会展示3种比对工具注释到的CAZyme，整合3种方法的结果，提高准确率。
若提供了基因位置信息，结果中还有CGCFinder预测出的CAZyme基因簇。结果页中还可调整CGCFinder的阈值，方便筛选预测结果。