数据库下载

nr数据库下载前应确认其序列ID中包含有gi信息。推荐通过NCBI提供的脚本进行下载。

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perl update_blastdb.pl nr

下载完成后解压

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tar -zxvf *.tar.gz

建库

由于下载的是nr数据库建库后的文件，因此不需要再通过makeblastdb进行建库。

此外，如果想要在blast结果中添加物种名称，则需要手动下载nr数据(FASTA格式)以及gi与taxid的映射文件，在makeblastdb时通过-taxid_map gi_taxid_nucl.dmp参数将映射信息包含在库中。

其他

同时，使用blastdbcmd可以从库文件中提取序列

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blastdbcmd -db nr -dbtype prot -entry all -outfmt "%f" -out nr.fa

使用blast_formatter可以将asn格式(outfmt 11)转换为其他格式

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blast_formatter -archive "test.blastn@nr.asn" -outfmt "7 qseqid sseqid pident length mismatch gapopen qstart qend sstart send evalue bitscore staxids salltitles" > "test.blastn@nr.tab"

参考来源

http://blog.shenwei.me/local-blast-installation/

https://segmentfault.com/a/1190000012055972