建立数据库

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${RepeatModelerPath}/BuildDatabase -name ${database_name}  ${fasta}

但是对于ABBlast来说，BuildDatabase建立的索引还缺少nt_db.xni文件，出现提示

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FATAL:  xdf_db_fopen failed code 22 (identifier index does not exist) on
        database "nt_db":  the file "nt_db.xni" was not found.  To create a
        sequence identifier index, execute xdformat with the -I option or
        re-index the existing database (faster) using the -X option.

需要手动调用ABBlast中的xdformat来建立xni索引

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xdformat -n -I nt_db

构建LIBRARY

运行RepeatModeler主程序

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${RepeatModelerPath}/RepeatModeler -pa 30 -database ${database_name}>& run.out &

结果文件夹种的consensi.fa.classified可以作为library用于RepeatMasker进行重复序列的屏蔽。

重复序列的计算与屏蔽

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$RepeatMasker -pa 16 \
  -lib consensi.fa.classified \
  -dir Repeat_result -html -gff species.genome.fasta

注意，RepeatMasker的结果文件夹Repeat_result需要提前手动建立，否则程序运行完成后结果文件会丢失。

无library直接使用RepeatMasker中的RepBase数据库来计算重复序列，若RepBase数据库对目标物种的覆盖不好，则很可能只找到较少的重复序列。此时，使用RepeatModeler构建library就很有必要。

参考来源

https://logozy.me/an-zhuang-he-shi-yong-repeatmodler/ http://etutorials.org/Misc/blast/Part+V+BLAST+Reference/Chapter+14.+WU-BLAST+Reference/14.4+xdformat+Parameters/